Сегодня он включает в себя три отдела («Краеведческий музей», «Усадьбу И.И. Лажечникова» и «Музей боевой славы»), расположенные в восьми зданиях – архитектурных памятниках различных эпох.

Отдел «Краеведческий музей», расположенный в центре Коломенского кремля – единственное место в городе, представляет историю Коломны с древнейших времен по XX столетие через подлинные материалы фондовых коллекций, архивные документы и литературные источники.

Отдел «Усадьба купцов Лажечниковых» – единственный в России музей писателя И.И. Лажечникова, открытый в 2007 году в сохранившейся до наших дней старинной усадьбе, где прошло детство писателя. Собрание отдела ежегодно пополняется мемориальными вещами, переданными в дар от его потомков. Музейные экскурсии и мероприятия, рассказывающие о писателе, помогают проникнуться духом «лажечниковской эпохи», понять истоки разносторонних дарований автора.

Отдел «Музей боевой славы», открытый в 1977 году – в год празднования 800-летия Коломны – расположен в новом здании, построенном в честь 65-летия Победы в Великой Отечественной войне. Историческая экспозиция музея состоит из уникальных предметов, которые представляют воинскую историю Коломны, начиная с 1237 года (нападения на Коломну Батыя) и заканчивая событиями XX века.

Отдел «Туристско-информационный центр «VISITKOLOMNA» – это место, где каждый житель и гость города может получить информацию о Коломне и её окрестностях, об истории и современности.

Отдел «Дом воеводы», является одной из древнейших каменных гражданских построек Коломны. На данный момент отдел находится на консервации, проводятся работы по разработке проектной документации и подготовке к дальнейшей реставрации отдела.

Собрание музея-заповедника ежегодно пополняется и активно экспонируется. Продолжается работа по внесению сведений о музейных предметах и музейных коллекциях в Государственный каталог Музейного фонда Российской Федерации. Проводится реставрация предметов специалистами Всероссийского художественного научно-реставрационного центра имени академика И.Э. Грабаря.